作为一名医生，水跃翔视病人如亲人，深深扎根于基层，经常为兰溪游埠、黄店、横溪、香溪、马涧等乡镇卫生院送医下乡，开展专家门诊、病房查房等，支援基层医院业务建设，带动当地以呼吸疾病防治为主的医疗技术水平的提高，获得了基层医院医护人员和当地百姓的好评。工作中他处处以党员的标准严格要求自己，不管是非典流行还是甲流肆虐，他总是冲锋陷阵在一线，为控制兰溪的疫情发挥了一名党员先锋模范作用。
2003年，“非典”疫情卷席整个中国，老百姓闻之色变，作为呼吸内科的医生水跃翔深知“非典”的传染性，预防和控制非典的重要性，配合医院领导，积极购买隔离防护用具，做好隔离病房的准备，并首批报名参加。当时，医院收治的第一例疑似“非典”的重症肺炎病人是一个八十几岁的高龄患者，有高热、咳嗽、咳痰等症状，胸片示右肺大片炎症。水跃翔妻子也是医生，当时正在急诊室值班，也冒着接触病人，被感染的危险。家中女儿三岁，全靠年迈的奶奶照顾。但为了病人，他毫不犹豫挺身而出，进入隔离病房，抢救病人。当时正值炎热的夏季，隔离病房是开放的，不允许开空调。水跃翔穿着厚厚的隔离衣，在炎热的病房救治病人。经过及时的救治，病人的病情得到了控制。在隔离病房，患者无家属陪护，水跃翔又当医生又当保姆，为病人接尿、接屎，病人当时心理压力大，他又要指导病人饮食，又要开导病人，做心理指导，经过一周的精心治疗，病人转危为安，同时排除“非典”，解除隔离。
2010年兰溪“甲流”暴发，马涧、女埠等乡镇发热病人很多，学校疫情较重。水跃翔当时被市卫生局任命为医疗组长，带领兰溪市人民医院、兰溪市中医院的医生护士奔赴疫情防治第一线，每天在乡卫生院蹲点，检查每天每个病人的体温和病情。起初疫情控制不理想，他提出“阻击病情在家门口，切断甲流的传播途径”的思路，得到医疗组同意和领导的肯定，遂亲自带医务人员每天送给居家隔离的病人上门检查身体，量体温，发药，整日奔波于农村山里。经过一个多月的努力防治，终于消灭了疫情，学校恢复上课，老百姓恢复了正常生活，但他为此整整瘦了一圈，他自己却笑呵呵地说“减肥成功”。在那一段特殊的时期，他与全市医务人员一起，共同战斗第一线，圆满完成了市里和医院交给的抗击甲流任务。
他一直重视科研，积极推广新技术，近年来，在他的带领下，呼吸与危重症医学科教研成绩突出。2010年，水跃翔完成了兰溪市科技局立项项目《支气管肺泡灌洗在机械通气患者治疗中的应用》，并荣获兰溪市金桥工程一等奖。2016年，他完成了金华市科学技术研究计划项目《无创呼吸机对阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征患者心脏结构和功能的影响》，并荣获兰溪市科学技术进步奖二等奖。2017年，又完成了兰溪金桥工程项目《支气管镜消融技术治疗恶性中心气道腔内狭窄的临床应用》。截至目前，他已经在国家级一级、二级期刊发表了《血清IL-8在慢性阻塞性肺疾病中不同时期中的作用》，《不同通气模式对阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征患者心脏结构和功能的影响》，《呼吸内科下呼吸道感染病原菌分布及耐药性分析》等论文十余篇。今年科室又申请到省卫生厅的课题《医联体模式下分级诊疗对慢性阻塞性肺病管理的效果评价》，同时举办省级继教班《内科胸腔镜在基层医院胸膜疾病中的规范化应用》，基层医务人员反响强烈，获得了大家一致好评。
水跃翔作为科主任，殚精竭虑，以身作则，和全科同事一道，着力打造一流的呼吸学科，为广大群众提供高效便捷的呼吸系统疾病诊疗服务。“建设学习型科室，建设省内一流的二级医院呼吸科”是水主任为科室长期发展定下的目标，学科建设是提升科室整体素质的重要内容。近年来，在水主任的带领下，呼吸科不断开展新技术、攻克旧难题：开展支气管镜下恶性肿瘤切除治疗，处于市内气管镜下介入治疗领先地位；开展经支气管镜肺活检、支气管肺泡灌洗等技术，使得间质性肺病和周围型肺癌的诊断率大大提高，也填补了这一空白；开展经气管镜淋巴结针吸活检技术，使得纵隔淋巴结的诊治上一个台阶；为了提高胸膜疾病的诊断率，利用医院电子支气管镜代替内科胸腔镜，使这一项新技术在基层医院开展；开展多导睡眠监测，为睡眠障碍病人提供准确的诊断和治疗，此技术在金华地区领先。为方便哮喘、慢阻肺病人就诊，加强慢性气道炎症的管理，减少病人医疗费用，他打造了一流的呼吸门诊雾化室。在科室，水主任营造浓厚的学术氛围，加强年轻医务人员理论水平和动手能力。每天晨会后，他都会主持新病人病情分析和疑难病例讨论会，二个医疗组把本周内遇到的疑难病例进行科室讨论，集整个科室的力量来攻克每一个疑难病例，在解决临床问题的同时，大大增强年轻医生对呼吸病的认识，提高整个团队的业务水平。
水主任说：他始终牢记医院“关爱体现服务，精湛演绎技术”的服务理念，并准备用一生去践行。正如水主任的一位老前辈，也是他的病人为他写的一首诗《点赞水跃翔医师》：“呼吸医师水跃翔，为民服务意识强。全浙江一枝独秀，宋庆龄奖水氏扬。立基层党员本色，精技艺手术特长。荣获优秀论文奖，欣闻获奖喜非常。”此诗正是水跃翔医生的工作写照。