方永奇毕业后响应党的号召，到农村最基层工作，于1991年7月至1994年在本县西岩镇坳头村卫生室工作，在1993年坳头村伤寒流行过程中，积极配合县防疫站工作，到每家每户宣传有关预防知识及发放预防药品，细心治疗伤寒病患者，有效的扑灭了当年的伤寒流行。因工作出色，于1994年调入儒林镇卫生院从事临床医疗工作，在工作中认真负责，业务上精益求精，不断学习专业知识，处处为病人着想，不管是天晴下雨还是白天黑夜，病人随喊随到，从无怨言，得到了患者及其家属的普遍好评，并逐步成为业务骨干及学科带头人。

 方永奇积极参加各项活动，多次参加义务献血，具有良好的职业道德和敬业精神。经常出诊、义诊，送医送药下乡，深入农村及社区，认真学习传染病防治法，在抗击“非典”中，他总是走在预防第一线，具有较强的传染病防治意识。在走上管理工作后，积极围绕临床的卫生工作方针，以提高管理水平和业务能力为前提，以增强理论知识和提高业务技能为基础，坚持走临床和社会工作相结合的道路。积极带领全院职工齐心协力，努力工作，使医院取得了良好的社会效益和经济效益。

在工作中，方永奇深刻的认识到一个合格的医师应具备的素质和条件，必须有比较全面的知识才能适应乡镇卫生院的工作，必须有丰富的理论知识和丰富的临床经验，才能在乡镇卫生院设备落后、辅助检查条件较差的情况下，对各种常见病多发病做出正确的诊断和治疗。因此不断努力提高自身的业务水平，通过订阅大量业务杂志及书刊，写下了大量的读书笔记，丰富了自己的理论知识，能熟练掌握中医内科常见病、多发病及疑难病症的诊治技术。

自任现职以来，方永奇运用中医内科的理论知识，运用单方、验方及中西医结合，对内科常见病、多发病及部分疑难杂病都取得了较好的疗效，如中西结合治疗眩晕症、中医分型治疗癫痫病、中西医结合治疗小儿腹泻，单方验方治疗胃炎等都取得了良好的疗效，使中医药在农村卫生工作中充分发挥了他的特长。他一直积极指导下一级医师的工作，在医院业务管理上，担负组织和教学任务，使年轻的医师业务水平和工作能力得到了较快的提高，担负全院危重疑难病人会诊和抢救工作，真正发挥了业务骨干作用，起到了学科带头人的作用。自2005年5月，方永奇担任儒林镇卫生院院长以来，一直坚持临床一线上班，不断学习专业基础知识，提高诊断水平，带领院务会一班人为医院的发展出谋划策，开展“以病人为中心，以质量为核心”的医院管理活动，提出“减轻患者负担，树立百姓医院形象”的口号，加强行风建设，防范医疗购销过程中的商业回扣，注重思想教育，任人唯贤，积极发挥业务骨干带头人的作用，发表论文多篇。

方永奇担任院长期间，一直严格执行医疗卫生法律法规和核心制度，切实加强单位综合能力提升建设，确保了医疗工作安全，多年来不断加强了医院的廉政建设，与医务人员层层签订了廉洁责任状，坚决制止医务人员与医药代表联系采取开单提成的不良行为。因医院的各项工作做得较好，成绩突出，自2014年以来，连续四年卫生工作年终考核全县排名第一，于2016年被评为“群众满意乡镇卫生院”，使医院取得了较好的社会效益，有效的促进了医院卫生事业的全面发展。